研究成果Achievement

学術変革領域研究(B)「骨イメージングではじめる動的多細胞コミュニティ学」（令和4年度～令和6年度）の主な研究業績です。詳細は研究成果報告書（PDF）をご覧ください。

雑誌論文（査読有）

  1. Miyamoto Y, Kikuta J, Matsui T, Hasegawa T, Fujii K, Okuzaki D, Liu YC, Yoshioka T, Seno S, Motooka D, Uchida Y, Yamashita E, Kobayashi S, Eguchi H, Morii E, Tryggvason K, Shichita T, Kayama H, Atarashi K, Kunisawa J, Honda K, Takeda K, Ishii M. Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation. Nature, 629:901-909, 2024.
  2. Hiura T, Seno S, Matsuda H. Inference of Cell-Cell Interactions Through Spatial Transcriptomics Data Using Graph Convolutional Neural Networks. Parallel and Distributed Processing Techniques (CSCE 2024), 2256:139-152, 2025.
  3. Watanabe S, Shigeta Hi, Seno S, Matsuda H. A Novel Approach to Detection Algorithms for Artifacts in Clinical Endoscopy. IPSJ Transactions on Bioinformatics, 17:18-26, 2024.
  4. Yamaoka Y, Chan WI, Seno S, Iwamori K, Fukada S, Matsuda H. Quantifying the recovery process of skeletal muscle on hematoxylin and eosin stained images via learning from label proportion. Scientific Reports, 14:27044, 2024.
  5. Shimizu K, Kikuta J, Ohta Y, Uchida Y, Miyamoto Y, Morimoto A, Yari S, Sato T, Kamakura T, Oshima K, Imai R, Liu Y, Okuzaki D, Hara T, Motooka D, Emoto N, Inohara H, Ishii M. Single-cell transcriptomics of human cholesteatoma identifies an activin A-producing osteoclastogenic fibroblast subset inducing bone destruction. Nature Communications, 14:4417, 2023.
  6. Sudo T, Yamashita E, Kikuta J, Ishii M. Protocol for live imaging of transferred mouse bone marrow cells by two-photon microscopy. STAR protocols, 4:102654, 2023.
  7. 長村徹, 瀬尾茂人, 藤本健二, 繁田浩功, 松田秀雄. 動画像シミュレータを介した強化学習による細胞追跡手法. 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, 16:11-22, 2023.
  8. Nagamura T, Seno S, Shigeta H, Mashita T, Matsuda H. Cell Tracking via Reinforcement Learning with Microscopic Image Simulator. Proceedings of the 2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology, 23:16-22, 2023.
  9. Cato S, Oshitani K. Tsunami-tendenko follows the antiextinction principle, not utilitarianism. Journal of Medical Ethics, 51:203-204, 2025.
  10. Cato S, Chung H. Stable dystopia: a critique of the circular definition of stability in Nozick’s model of utopia. Analysis, 84:465-475, 2024.
  11. Bossert W, Cato S, Kamaga K. Smallest quasi-transitive extensions. Journal of Mathematical Economics, 112:102983, 2024.
  12. Cato S. Sufficientarianism and incommensurability. Philosophical Studies, 181:3439-3458, 2024.
  13. Cato S, Harada K. A new result on the impossibility of avoiding both the repugnant and sadistic conclusions. Economics Letters, 232:111306, 2023.
  14. Cato S. Potential rationality in collective decision-making. Synthese, 202:183, 2023.
  15. Cato S, Ishida S. Infection control, subjective estimates, and the ethics of testing during the COVID-19 Pandemic. Bioethics, 37:897-903, 2023.
  16. Bossert W, Cato S, Kamaga K. Independent, neutral, and monotonic collective choice: the role of Suzumura consistency. Social Choice and Welfare, 61:835-852, 2023.
  17. Cato S, Inoue A. Are good leaders truly good?. Analysis, 83:437-446, 2023.
  18. Zusai D. Evolutionary dynamics in heterogeneous populations: a general framework for an arbitrary type distribution. International Journal of Game Theory, 52:1215-1260, 2023.
  19. Cato S. When is weak Pareto equivalent to strong Pareto?. Economics Letters, 222:110953, 2023.
  20. Cato S, Harada K, Oshitani K. Repugnance at the limit. Ratio, 37:231-240, 2023.
  21. Yari S, Kikuta J, Shigyo H, Miyamoto Y, Okuzaki D, Furusawa Y, Minoshima M, Kikuchi K, Ishii M. JAK inhibition ameliorates bone destruction by simultaneously targeting mature osteoclasts and their precursors. Inflammation and Regeneration, 43:18, 2023.
  22. Koike T, Fujii K, Kometani K, Butler NS, Funakoshi K, Yari S, Kikuta J, Ishii M, Kurosaki T, Ise W. Progressive differentiation toward the long-lived plasma cell compartment in the bone marrow. Journal of Experimental Medicine, 22:e20221717, 2023.
  23. Agemura T, Hasegawa T, Yari S, Kikuta J, Ishii M. Arthritis-associated osteoclastogenic macrophage, AtoM, as a key player in pathological bone erosion. Inflammation and Regeneration, 42:17, 2022.
  24. Bossert W, Cato S, Kamaga K. Thresholds, critical levels, and generalized sufficientarian principles. Economic Theory, 75:1099-1139, 2023.
  25. Cato S, Nakamura H. Understanding the Function of a Social Business Ecosystem. Sustainability, 14:9325, 2022.

学会発表

  1. 菊田順一. AIで識別してオミクスで理解する生体イメージングと医学応用. 第28回日本心血管内分泌代謝学会学術総会（招待講演）.
  2. 菊田順一. 生体イメージングで解き明かす骨髄血管透過性の制御メカニズム. 第47回日本分子生物学会年会（招待講演）.
  3. 菊田順一. 生体イメージングで捉えるマクロファージの動態と機能. 第47回日本分子生物学会年会（招待講演）.
  4. 菊田順一. 炎症性骨破壊の時空間的動態解析と新規治療法の開発. 生体機能と創薬シンポジウム2024（招待講演）.
  5. 菊田順一. 生体イメージングで捉える骨髄血管透過性制御機構. 第42回日本骨代謝学会学術集会（招待講演）.
  6. 菊田順一. 生体イメージングで捉える骨代謝ダイナミクス. 第97回日本内分泌学会学術総会（招待講演）.
  7. Shigeto Seno, Shunji Umetani, Hideo Matsuda. Cell-type deconvolution for spatial transcriptome based on linear programming. The International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 2024（国際学会）.
  8. Hibiki Sugiyama, Shigeto Seno, Shunji Umetani, Hironori Shigeta, Hiroyuki Okada, Yasuhito Yahara, Junichi Kikuta, Hideo Matsuda. A method for estimating cell regions and cell types using linear programming for spatial transcriptome analysis. 1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference（国際学会）.
  9. Miku Yasuda, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Hideo Matsuda. A method for detecting fiber structures in biological imaging data based on implicit neural representations. 1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference（国際学会）.
  10. Yu Yamaoka, Weng Ian Chan, Shigeto Seno, So-Ichiro Fukada, Hideo Matsuda. Learning from Similarity Proportion Loss for Classifying Skeletal Muscle Recovery Stages. ADSMI: MICCAI Workshop on Advancing Data Solutions in Medical Imaging AI（国際学会）.
  11. 菊田順一. 生体イメージングを活用した再生医療研究. 第23回日本再生医療学会総会（招待講演）.
  12. 菊田順一，石井優．生体二光子励起イメージングで解き明かすバイオミネラリゼーション. 第52回結晶成長国内会議（招待講演）.
  13. 瀬尾茂人、加藤晋、梅谷俊治、五十嵐彰、図斎大、澤亮治、呂沢宇、菊田順一. 骨イメージングではじめる動的多細胞コミュニティ学. 日本科学振興協会年次大会2023.
  14. 菊田順一，石井優．生体イメージングによる炎症性破骨細胞の動態・機能解析. 第67回日本リウマチ学会総会学術集会.
  15. 菊田順一，石井優．生体イメージングで捉える炎症性骨破壊・線維化の動的実態. 第44回日本炎症・再生医学会（招待講演）.
  16. Junichi Kikuta. Intravital imaging of in vivo pharmacological actions of drugs on the immune system. The 9th China-Japan Joint Meeting of Basic and Clinical Pharmacology（国際学会）.
  17. 菊田順一，石井優．RANKLによる生体骨髄内の血管透過性制御機構の解明. 第41回日本骨代謝学会学術集会.
  18. 菊田順一，石井優．生体イメージングによる分子標的治療薬のin vivo薬理作用の解明. 第97回日本薬理学会年会.
  19. Takeru Ishii, Shigeto Seno, Shunji Umetani, Hideo Matsuda. A Coarse-to-Fine Linear Programming Approach for Spatial Transcriptome Deconvolution. GIW/ISCB-Asia 2023（国際学会）.
  20. Susumu Cato. Non-binary population ethics and the mere addition paradox. Workshop on Collective Decisions: Current Trends（招待講演・国際学会）.
  21. Susumu Cato. Non-binary population ethics and the mere addition paradox. SAET (Society for the Advancement of Economic Theory) conferences in Paris（国際学会）.
  22. Susumu Cato. The power of majorities under the Borda rule. PPE conference 2023（国際学会）.
  23. Ryoji Sawa. The evolution of preferences in a haystack model with finite populations. 慶應義塾大学経済研究所 ミクロ経済学ワークショップ（招待講演）.
  24. Dai Zusai. Net gains in evolutionary dynamics. 慶應義塾大学経済研究所 ミクロ経済学ワークショップ（招待講演）.
  25. Dai Zusai. Evolutionary dynamics in heterogeneous populations: a general framework for an arbitrary type distribution. 日本経済学会 秋季大会.
  26. Dai Zusai. Generic disaggregability of adaptive economic dynamics: in the short, medium and long run. SWET 2023（招待講演）.
  27. Zeyu Lyu. Leveraging Large Language Models to Understand the Opinion of Polarization. 国際ワークショップ「計算社会科学の社会学的基盤」.
  28. 菊田順一，石井優．生体イメージング技術による免疫疾患治療薬のin vivo薬理作用の解明. 第96回日本薬理学会年会（招待講演）.
  29. 菊田順一，石井優．生体多光子励起イメージングによる免疫疾患の病態解明. 第50回日本臨床免疫学会総会（招待講演）.
  30. 菊田順一，石井優．ゼロから始める生体イメージング研究～病態解明と新たな治療を目指して～. 第31回日本リウマチ学会近畿支部学術集会（招待講演）.
  31. 長村徹，瀬尾茂人，藤本健二，繁田浩功，松田秀雄. 動画像シミュレータを介した強化学習による細胞追跡手法. 第141回情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会.
  32. Takeru Ishii, Shigeto Seno, Shunji Umetani, Hideo Matsuda. 空間トランスクリプトーム解析のための数理最適化を用いた細胞比率の推定手法. 第11回生命医薬情報学連合大会.
  33. 長村徹, 瀬尾茂人, 藤本健二, 繁田浩功, 松田秀雄. 細胞動画像シミュレータを介した強化学習による細胞追跡手法. 第25回 画像の認識・理解シンポジウム.
  34. 永野由貴斗, 瀬尾茂人, 多根井智紀, 草田義昭, 松田秀雄. 医療画像診断のための弱教師あり学習を用いた確信度付き良悪性分類手法. 第25回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2022).
  35. 山岡悠, 瀬尾茂人, 深田宗一朗, 松田秀雄. 時系列ラベルを用いた物体検出による筋線維再生の定量評価の提案. 第25回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2022).
  36. Susumu Cato. The sufficientarian principle and incommensurability. Incommensurability and Population-level bioethics at Rutgers University（招待講演）.
  37. Susumu Cato. The trade-off between the repugnant and sadistic conclusions under Population axiology and separability of people’s lives. Workshop on Principles for Sustainability.
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